12.02.2021 09:17
Новости.
Просмотров всего: 18519; сегодня: 5.

В АлтГУ разработали инновационный способ инфекционной диагностики

В АлтГУ разработали инновационный способ инфекционной диагностики

Авторитетный швейцарский научный журнал Frontiers in Immunology, освещающий вопросы иммунологии и рассказывающий о последних достижениях в этой области, опубликовал статью ученых Российско-Американского противоракового центра Алтайского государственного университета и кафедры физико-химической биологии и биотехнологии Института биологии и биотехнологии АлтГУ под руководством академика РАН Ольги Ивановны Лаврик.

Работа под названием «Доменное сканирование: Комбинаторная Серологическая диагностика инфекционных заболеваний с использованием машинного обучения» (Domain-Scan: Combinatorial Sero-Diagnosis of Infectious Diseases Using Machine Learning) посвящена совместному исследованию ученых АлтГУ с коллегами из университета Тель-Авива (Израиль) и института Макса Планка (Германии), которое позволило сформировать серодиагностический подход, основанный на использовании фаговых пептидных библиотек.

В основе подхода, получившего название «доменное сканирование» (Domain-Scan), лежит использование методов высокопроизводительного секвенирования (NGS) в сочетании с методами машинного обучения. Благодаря этому ученым удалось одновременно изучить связывание антител сывороток крови с десятками эпитопов, то есть частями макромолекул вирусов, например, таких, как ВИЧ-1 и HCV (вирусный гепатит С). Когда разработанный метод был использован для классификации неизвестных сывороток, он не только обеспечил точную классификацию, но и позволил определить профиль эпитопной специфичности.

«С университетом Тель-Авива у нас подписано соглашение о сотрудничестве. Мы уже на протяжении нескольких лет успешно сотрудничаем с лабораторией профессора Гершони, одного из крупнейших специалистов в области фагового дисплея, и планируем продолжить нашу исследовательскую работу, - отметил ведущий научный сотрудник Российско-американского противоракового центра АлтГУ, к.б.н. Дмитрий Николаевич Щербаков. – Разработанный нами подход действительно прорывной. И дело даже не в модных ныне методах машинного обучения и секвенирования нового поколения. Дело в том, что этот метод позволяет одновременно получать информацию о спектре эпитопов, с которым взаимодействуют антитела из сывороток крови больных. Этот метод очень сильно похож на чиповые методы, которые наш коллектив развивает совместно со Стефаном Джонстоном из Аризонского университета, но, на мой взгляд, он более открыт и доступен для большего числа исследователей».

Разработанный экспериментально-вычислительный подход Domain-Scan является универсальным и может быть адаптирован к другим патогенам при условии предоставления достаточных обучающих выборок.

«Разработанный нами подход «доменного сканирования» можно использовать не только для выявления инфекционных заболеваний, но и для диагностики онкозаболеваний. По профилю антител, которые находятся у человека в крови, можно с помощью «доменного сканирования» определять различные заболевания», - подытожил Д.Н. Щербаков.   


Ньюсмейкер: Алтайский государственный университет — 3390 публикаций
Поделиться:

Интересно:

Сегодня в Москве проходит фестиваль «Цифровая история»
20.04.2024 13:27 Мероприятия
Сегодня в Москве проходит фестиваль «Цифровая история»
20 апреля в Москве в Концертном зале МПГУ стартовал Шестнадцатый научно-популярный фестиваль «Цифровая история»  — «Неизвестная Вторая мировая». В мероприятии принимают участие российские историки, которые обсудят последние открытия в мире военной истории, расскажут о...
К годовщине окончания битвы за Москву в 1942 году
20.04.2024 09:02 Новости
К годовщине окончания битвы за Москву в 1942 году
Начавшаяся 30 сентября 1941 года битва за Москву завершилась 20 апреля 1942 года. Германия потерпела первое крупное поражение во Второй мировой войне. Враг потерял убитыми, ранеными и пропавшими без вести более 500 тысяч человек, 1300 танков, 2500 орудий и другой...
20 млн учащихся приняли участие в уроке о геноциде советского народа
19.04.2024 16:10 Новости
20 млн учащихся приняли участие в уроке о геноциде советского народа
Накануне Дня единых действий в память о жертвах преступлений против советского народа, совершенных нацистами и их пособниками в годы Великой Отечественной войны, который отмечают 19 апреля, в российских школах прошли занятия «Разговоры о важном».  В рамках «Разговоров о...
Подмосковье - в числе регионов-лидеров по объему закупок у самозанятых
19.04.2024 09:21 Новости
Подмосковье - в числе регионов-лидеров по объему закупок у самозанятых
С 1 апреля 2020 года самозанятым гражданам разрешили участвовать в закупках по 223-Федеральному закону «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» на равных условиях с малым и средним бизнесом. Это способствовало значительному приросту объёма закупок у граждан, применяющих...
День единых действий в память о геноциде советского народа в годы ВОВ
19.04.2024 07:40 Интервью, мнения
День единых действий в память о геноциде советского народа в годы ВОВ
В деле сохранения исторической правды есть особая дата - 19 апреля. В этот день в 1943 году был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР N39 "О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для...